Fundacja. W 1202 roku książę Henryk Brodaty, z inicjatywy żony Jadwigi, ufundował w Trzebnicy klasztor żeński; rok później przybyły pierwsze mniszki z klasztoru św. Teodora w Bambergu. Budowa szła szybko: w 1204 roku książę przydzielił klasztorowi człowieka do przygotowywania zaprawy, w 1208 roku nadał ziemię kamieniarzowi Jakubowi, a w 1214 roku krypta miała już rocznicę konsekracji. W 1218 roku konwent podporządkowano opactwom cysterskim, a w 1219 roku konsekrowano ukończony kościół.
Święta Jadwiga. Henryk Brodaty zmarł w 1238 roku i spoczął przed ołtarzem głównym. Owdowiała Jadwiga zamieszkała w Trzebnicy, gdzie zmarła w 1243 roku i została pochowana. Po jej kanonizacji w 1267 roku do Trzebnicy zaczęli ściągać pielgrzymi. W latach 1268–1269 wnuk świętej, arcybiskup Salzburga Władysław, ufundował kaplicę, do której przeniesiono jej szczątki — pierwszą w Polsce budowlę wzniesioną w stylu czysto gotyckim. Dzisiejszy grobowiec z XVII wieku zestawia czarny i różowy marmur; alabastrową figurę świętej z modelem kościoła dodano w 1750 roku. Przy grobowcu jest epitafium księżniczki Karoliny, ostatniej z legnicko-brzeskiej linii Piastów, pochowanej w bazylice. W środku prezbiterium stoi nagrobek Henryka Brodatego i wielkiego mistrza krzyżackiego Konrada von Feuchtwangena, pochowanego tu w 1296 roku.
Romańskie ślady. Trójnawowa bazylika ma 80 m długości i 23 m szerokości. Z późnoromańskiej budowli z początku XIII wieku zachowały się fragmenty murów, dwa portale — z królem Dawidem i z Pokłonem Trzech Króli przed Marią — oraz krypta św. Bartłomieja pod prezbiterium.
Burzliwe dzieje. Klasztor wielokrotnie płonął, pustoszyli go husyci w latach 1432–1433, wojska Macieja Korwina w 1475 roku i Duńczycy hrabiego Mansfelda w 1626 roku. Po wojnie trzydziestoletniej odrodził się kult św. Jadwigi; od 1676 roku kościół i klasztor przebudowywano w stylu barokowym, a nowe zabudowania klasztorne z lat 1696–1726 należą do największych założeń klasztornych w Europie Środkowej. 11 listopada 1810 roku król pruski skasował opactwo, a jego zbiory wywieziono do Wrocławia. Pod koniec XIX wieku klasztor przejęli joannici, a następnie siostry boromeuszki, które prowadzą tu dziś muzeum klasztorne.
Sanktuarium. W 2007 roku dekretem Kongregacji ds. Duchowieństwa bazylika otrzymała status Międzynarodowego Sanktuarium, a 4 lipca 2014 roku zespół dawnego opactwa cysterek uznano za Pomnik Historii.