Historia. Początki muzeum sięgają 1898 roku, gdy kardynał Georg Kopp wezwał duchownych do zabezpieczania dzieł sztuki sakralnej wycofanych z kultu. Kolekcję zgromadził pierwszy dyrektor, ks. dr Joseph Jungnitz, a muzeum otwarto 29 października 1903 roku. Pierwsze ekspozycje mieściły się w gotyckiej sali z 1520 roku w budynku Biblioteki Kapitulnej i w pięciu salach neogotyckiego gmachu archiwum i biblioteki. To jedno z najstarszych muzeów kościelnych w Polsce, które zachowało ciągłość działania.
Remont. Pięcioletnia przebudowa za 55,7 mln zł objęła trzy budynki wystawowe — średniowieczny, późnogotycki i barokowy — połączone podziemnym łącznikiem. Muzeum otwarto ponownie 12 grudnia 2024 roku. Po raz pierwszy można zobaczyć sklepioną salę obrad Domu Kapituły z lat ok. 1380–1390.
Ekspozycja. Zbiory liczą około 6500 obiektów, z których kilkaset niedawno odrestaurowano. Siedem działów to: starożytność (z mumią egipskiego chłopca z okresu ptolemejskiego), średniowiecze (m.in. kielich mszalny z Muszkowic z ok. 1400 roku), Dom Kapituły (z neogotyckim piecem kaflowym z XIX wieku), lapidarium (z najstarszą romańską figurą św. Jana Chrzciciela z katedry), malarstwo i rzeźba (m.in. dzieła Bartłomieja Strobla Młodszego), sala Cranacha (z kopią „Madonny pod jodłami” Lucasa Cranacha Starszego z 1510 roku, którą ma zastąpić oryginał) oraz „Śląskie niebo” — ikonografia świętych. Pokazywane jest też faksymile Księgi Henrykowskiej.